Primeramente fue inhumada en el monasterio de San Francisco de la Alhambra, el 18 de diciembre de 1504, en una sencilla sepultura, según su deseo. Poco después, sus restos mortales, junto con los de su esposo Fernando el Católico, fueron trasladados a la Capilla Real de Granada. Su hija Juana I y el marido de ésta, Felipe el Hermoso, también reposan allí. Asimismo se enterró en este lugar a su nieto Miguel de la Paz, hijo del rey Manuel I de Portugal y la infanta Isabel de Aragón, quien falleció poco antes de cumplir los 2 años de edad.