La planta principal de la que fuera residencia del emperador es sencilla, estructurándose en un pasillo central con dos estancias a cada lado. En el ala de la izquierda se encuentran la antecámara y la alcoba de Carlos V, estancia que se comunica con la iglesia. A la derecha se sitúan dos estancias más, con sendos miradores que dan a la huerta que completa el conjunto. Una de dichas habitaciones fue comedor y sala de audiencias.